Die genauen Auswirkungen des Vertrags auf das Funktionieren der EU ließen viele Fragen offen (Unsicherheiten, die zu Forderungen nach einem neuen Vertrag als Reaktion auf die Wirtschaftskrise Ende der 2000er Jahre geführt haben). [32] Bei der Bewertung der Auswirkungen waren das Parlament mit seiner Machtaufstockung und der Europäische Rat die größten Gewinner von Lissabon. In den ersten Monaten unter Lissabon kam es wohl zu einem Macht- und Führungswechsel von der Kommission, dem traditionellen Integrationsmotor, zum Europäischen Rat mit seinem neuen hauptamtlichen und längerfristigen Präsidenten. [33] Die Spaltung zwischen den Präsidenten der Kommission und des Europäischen Rates beinhaltete Überschneidungen, potenzielle Rivalitäten und schwerfällige Kompromisse, wie beide Präsidenten, die an internationalen Gipfeltreffen teilnahmen, theoretisch jeder mit eigener Verantwortung, aber unweigerlich mit einer beträchtlichen Grauzone. Es wurde erwartet, dass die Stellen – wie nach dem neuen Vertrag erlaubt – im Jahr 2014 zusammengelegt werden könnten, wenn ihre beiden Mandate ausliefen. [34] Um eine bessere Koordinierung und Kohärenz in der EU-Außenpolitik zu gewährleisten, hat der Vertrag von Lissabon einen Hohen Vertreter der Union für Außen- und Sicherheitspolitik geschaffen, der de facto den Posten des Hohen Vertreters für die Gemeinsame Außen- und Sicherheitspolitik und des EU-Kommissars für Außenbeziehungen und Europäische Nachbarschaftspolitik zusammenführte. Die Hohe Vertreterin ist Vizepräsidentin der Kommission, der Verwalter der Europäischen Verteidigungsagentur, nicht aber der Generalsekretär des Ministerrats, der eine eigene Stelle wird. Er hat das Recht, Verteidigungs- oder Sicherheitsmissionen vorzuschlagen. In der vorgeschlagenen Verfassung wurde dieser Posten als Außenminister der Union bezeichnet. [16] [50] Der Europäische Runde Tisch der Industriellen (ERT) trug zur Vorbereitung der Lissabon-Agenda bei, die Europa bis zum Jahr 2010 zum “wettbewerbsfähigsten und dynamischsten wissensbasierten Wirtschaftsunternehmen der Welt” machen wollte. Die Umsetzung der Agenda war jedoch weniger beeindruckend als die Erklärungen, die bei ihrer Annahme durch den Europäischen Rat im März 2000 abgegeben wurden.
Die ERT-Abgeordneten betonten stets die Notwendigkeit einer besseren Leistung der nationalen Regierungen bei der Erreichung der Lissabon-Ziele innerhalb eines bestimmten Zeitrahmens, der andernfalls Gefahr lief, außerhalb der Reichweite Europas zu bleiben. In den Folgejahren beteiligte sich ERT regelmäßig an der Debatte darüber, wie eine bessere Umsetzung der Lissabon-Agenda in allen EU-Mitgliedstaaten sichergestellt werden kann, einschließlich der Möglichkeiten zur Förderung von Innovation und zur Erzielung höherer Investitionen der Industrie in Forschung und Entwicklung in Europa. [15] Die Gelben und Orangenen Karten ermöglichen es den nationalen Parlamenten mehrerer Mitgliedstaaten, gemeinsam Legislativvorschläge wegen Nichteinhaltung des Subsidiaritätsprinzips anzufechten, d. h. “die Vorstellung, dass die EU so bürgernah wie möglich regieren sollte”.9 den Parlamenten der Mitgliedstaaten werden jeweils zwei Stimmen zugeteilt; je eine für die einzelnen Versammlungen eines Zweikammerparlaments, zwei für ein Einkammerparlament.